Audit mutu dilakukan secara internal dan eksternal berdasarkan dokumen audit mutu UB. Audit Internal dilaksanakan secara rutin, minimal satu tahun sekali untuk mengukur terpenuhinya persyaratan Standar Manajemen Mutu (SMM) dan Standar Mutu yang diterapkan universitas. Pedoman pelaksanaan audit internal tertuang dalam MP Pelaksanaan Audit Internal (00009 02005).

Audit eksternal dilaksanakan untuk seluruh lembaga dan unit kerja di FTUB dalam mengukur pemenuhan terhadap SMM ISO 9001:2008 yang dinyatakan dalam kepatuhan, ada tidaknya temuan dan atau perolehan sertifikat. Selain itu, Jurusan dan Program Studi-Program Studi di FTUB dinilai oleh Asesor dari BAN-PT untuk menentukan tingkat akreditasi institusi atau Program Studi. Prosedur pengusulan, pelaksanaan, dan perolehan akreditasi mengikuti ketentuan dan persyaratan BAN-PT.

Implementasi penjaminan mutu di Jurusan Teknik Mesin ditunjukkan dengan telah dilakukannya AIMA Batch 1 dan 2 dari tahun 2007 sampai dengan tahun 2009, dan AIM Batch 1 dan 2 pada tahun 2010. Saat ini telah dilakukan Siklus XV AIM. Dengan demikian UB telah melakukan audit sebanyak 15 siklus penjaminan mutu internal terhadap Fakultas, Jurusan dan Program Studi. Lingkup audit disesuaikan dengan kelemahan umum yang ada di fakultas maupun Jurusan/Program Studi. Misalnya, pada AIM Batch 2 dilakukan audit dengan lingkup standar 1, 2 dan 5 dari standar mutu BAN-PT. Dampak dari implementasi SPMI adalah diperolehnya sertifikasi ISO 9001:2008 diseluruh unit yang ada di Universitas Brawijaya (copy sertifikat pada lampiran). Begitu juga, setelah itu terjadi peningkatan mutu Program Studi.

AIM memberikan penghargaan (berupa uang) bagi unit yang memberikan pelayanan terbaik. Untuk tahun 2015 PDITM menyandang gelar no. 2 terbaik program studi doktor di Universitas Brawijaya dan menerima hadiah berupa uang Rp. 25.000.000,-. Audit yang dilakukan berdasarkan Manual Prosedur Audit Internal Mutu yang dibuat oleh PJM UB. Standar Mutu Audit Internal Mutu di lingkungan UB dengan mengacu kepada standar mutu akreditasi program studi Doktor BAN-PT sebanyak 7 standar.