Audit eksternal dilaksanakan untuk seluruh lembaga dan unit kerja di FTUB dalam mengukur pemenuhan terhadap SMM ISO 9001:2008 yang dinyatakan dalam kepatuhan, ada tidaknya temuan dan atau perolehan sertifikat. Selain itu, Jurusan dan Program Studi-Program Studi di FTUB dinilai oleh Asesor dari BAN-PT untuk menentukan tingkat akreditasi institusi atau Program Studi. Prosedur pengusulan, pelaksanaan, dan perolehan akreditasi mengikuti ketentuan dan persyaratan BAN-PT.