Program Pascasarjana Universitas Brawijaya (PPSUB) dirintis sejak tahun 1981. Rintisan ini diawali dengan kerjasama antara Universitas Brawijaya dengan Universitas Gajah Mada untuk menyelenggarakan Program Kegiatan Pengumpulan Kredit (KPK) UGM – UNIBRAW. Program ini bertujuan untuk membantu Universitas Brawijaya dalam merencanakan dan melaksanakan pendidikan pascasarjana secara mandiri.

Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 325/DII/1982, Program KPK UGM-UNIBRAW membuka Pendidikan Pascasarjana (S2) untuk Program Studi Sosial Ekonomi Pertanian. Selanjutnya berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 348/D/1982, Program KPK UGM-UNIBRAW membuka Program Studi S2 Ilmu Tanaman. Kegiatan pendaftaran calon mahasiswa program pascasarjana mulai dilakukan di Universitas Brawijaya pada awal tahun 1982. Pada tahun akademis 1985/1986 Program KPK UGM-UNIBRAW membuka Program Studi S2 Pengelolaan Tanah dan Air berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 1872/DK/1985.

Sesuai dengan perkembangan kemampuan dan fasilitas yang dimiliki Universitas Brawijaya dan permintaan stakeholders terkait yang sangat membutuhkan, pada tahun 1989 dibuka Minat (minat) Teknologi Pasca Panen, dan pada tahun 1990 dibuka Minat Pakan Ternak (keduanya di dalam Program Studi S2 Ilmu Tanaman); Minat Pemasaran dibuka pada tahun 1990 (dalam Program Studi S2 Sosial Ekonomi Pertanian).

Setelah sebelas tahun berstatus program KPK UGM-UNIBRAW, maka berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Dikti No. 104, 105, 106/Dikti/Kep/93, sejak tanggal 27 Februari 1993 Program Pascasarjana Universitas Brawijaya melakukan kegiatannya secara mandiri dengan tiga Program Studi S2, yaitu: (1).  Ilmu Ekonomi Pertanian, (2).  Ilmu Tanaman, dan (3).  Pengelolaan Tanah dan Air.

Dengan semakin berkembangnya program studi sarjana di lingkungan Universitas Brawijaya, dan semakin banyaknya peminat yang menginginkan dibukanya program studi baru, mulai tahun akademik 1995/1996 Program Pascasarjana Universitas Brawijaya membuka tujuh program studi S2, yaitu : (1). Program Studi Teknologi Pasca Panen, (2). Program Studi Ilmu Ternak, (3). Program Studi Manajemen, (4). Program Studi Ilmu Administrasi, (5). Program Studi Biomedik, (6). Program Studi Biologi Reproduksi, (7). Program Studi Teknik Sumberdaya Air.

Mulai tahun 1998 Program Pascasarjana Universitas Brawijaya menyelenggarakan program studi S2 untuk Teknik Sipil dengan SK Dirjen Dikti no. 52/DIKTI/KEP/1998 tanggal 23 Pebruari 1998 dan pada tahun 2001 untuk Teknik Mesin dengan SK Dirjen Dikti no. 91/DIKTI/KEP/2001. Kemudian pada tahun 2007 dibuka program magister untuk Teknik Elektro dengan SK Dikti no. 1575/D/T/2007 tanggal 29 juni 2007.

Berdasarkan SK Rektor No. 030/SK/2006 tentang Penyelenggaraan Program Pascasarjana UB, maka mulai tahun ajaran 2009/2010 seluruh program studi ilmu-ilmu keteknikan dikelola oleh Fakultas Teknik UB.

Dengan demikian terjadi perubahan nama dari Program Pascasarjana Universitas Brawijaya (PPSUB) menjadi Program Magister dan Doktor Fakultas Teknik Universitas Brawijaya (PMD FTUB). Kemudian, mulai tahun 2013 seiring dengan perkembangan situasi dan tuntutan pemenuhan penjaminan mutu di Fakultas Teknik, semua program Magister dan Doktor ditempatkan di dalam setiap jurusan yang sesuai.